STEREOLOJİ SÖZLÜĞÜ
Günümüzde yaygın olarak kullanılan stereolojik metotların, her bilim dalında olduğu gibi, kendine özgü bir terminolojisi vardır. Başlangıçta bu terminolojiye kazanılacak aşinalık, hem stereolojinin temel prensiplerinin daha iyi anlaşılmasını, hem de konular içinde geçen terimlerin kolayca kavranılmasını sağlayacaktır. Stereoloji bilim terminolojisi açısından Türkiye’de henüz bir fikir birliği bulunmadığı da göz önüne alınarak, bu terimlere tarafımızdan önerilen türkçe karşılıklar tartışılmaya ve geliştirilmeye muhtaçtır. Burada bazı terimlerin İngilizce ve Türkçe karşılıklarının birbiriyle sözlük anlamı bakımından farklılık gösterdikleri dikkati çekecektir. Bu farklılık her dilin kelimelere yüklediği farklı anlamlardan ve terimlerin Türkçe’ye çevrildiğinde ortaya çıkaracağı yanlış anlatımların ortadan kaldırılması kaygısından kaynaklanmaktadır. Ayrıca ilerde bu çalışmanın genişletilmesi için ülkemizde konuyla ilgilenen bilim adamlarının bu çalışmada yer almayan veya farklı anlamlara gelebilecek olan terimler hakkındaki düşüncelerini çalışma grubumuzla paylaşmalarının faydaları da kaçınılmazdır.
Binlerce yıllık geçmişe sahip olan ve dünyanın en önemli dilleri arasında ilk sıralarda yer alan Türkçe’mizin, bilim dünyasında canlı ve güncel olarak yaygın bir biçimde kullanılmasının, “Türkçe bilim dili değildir” gibi boş inançları ortadan kaldırmada en önemli etmen olduğunu düşünüyor ve bu amaçla, Stereoloji Derneği olarak, konuyla ilgili önerilerinize ve katkılarınıza büyük önem veriyoruz.
Sözlükte, stereoloji biliminin temel terimleri kısa açıklamalarla yer almaktadır. Konularla ilgili ayrıntılı açıklamalar kurs CD’lerinizde ve kaynaklarda mevcuttur. Açıklamalar içinde, yanlarında * işareti bulunan kelimeler, sözlükte ilgili maddede açıklanmıştır. Terimler, Türkçe karşılıklarına göre sıralanmış olup, sözlüğün sonunda, terimlerin İngilizce orijinallerini içeren bir dizin bulunmaktadır.
Faydalı olması dileklerimizle,
Stereoloji Derneği
A
Adım Aralığı (Step Length): Mikroskop tablasının sağa sola ve ileri geri, başka bir deyişle, x ve y eksenlerindeki hareketleri ile doku örneğinin kaydırılarak, görüntü alanlarının taranması için kullanılan alanları ifade eder. Adım aralığı, bir çok stereolojik çalışma için, bir ön çalışma ile belirlenir ve tüm çalışma boyunca sabit tutulmalıdır. Adım aralığı, aynı zamanda sistematik rasgele örnekleme* planının görüntü düzeyde uygulanmasında da önemli bir kavramdır.
Stereoloji Derneği
A
Adım Aralığı (Step Length): Mikroskop tablasının sağa sola ve ileri geri, başka bir deyişle, x ve y eksenlerindeki hareketleri ile doku örneğinin kaydırılarak, görüntü alanlarının taranması için kullanılan alanları ifade eder. Adım aralığı, bir çok stereolojik çalışma için, bir ön çalışma ile belirlenir ve tüm çalışma boyunca sabit tutulmalıdır. Adım aralığı, aynı zamanda sistematik rasgele örnekleme* planının görüntü düzeyde uygulanmasında da önemli bir kavramdır.
Adım Ölçer (Stepmeter): Kaplan ve ark. (2001) tarafından geliştirilmiştir. Bir mikroskop tablasına bağlı, iki adet sanayi tipi kumpas ile mikroskop tablasının x ve y eksenleri boyunca yaptığı hareketlerin hassas olarak ölçülmesini sağlamaktadır. Özel kollar vasıtasıyla, hareketi engellemeyecek şekilde mikroskop tablasının hareketli bölümlerine monte edilebilen iki adet kumpastan oluşur. Tabla hareketlerinin kumpas millerini oynatmasına bağlı olarak, tablanın yer değiştirmesi ibreli ekranda doğrudan okunabilir. Buradaki kumpasların hareket duyarlılığı, kullanılan kumpas tipine göre 1-10 mikrometre arasında olup, 10 mikrometrelik bir duyarlılık bir çok stereolojik ölçüm için uygundur (Kaplan ve ark. 2001, Gökçe, 1998; Aslan, 1999).
Alan Örnekleme Oranı/Payı (Area Sampling Fraction; asf): Ölçüm yapılmak üzere belirlenen/seçilen toplam alan miktarının, ilgilenilen yapıya ait toplam izdüşüm alanına olan oranı.
Anizotropi (Anisotropy): Bir hacim içerisinde yerleşmiş bulunan (hücre gibi) taneciklerin, üç boyutlu uzayda belirli bir yönelim tercihi göstermesi; izotropik* olmama durumu. Örneğin, deri, beyin kabuğu (cortex) veya tabakalı bir kayaç gibi tabakalaşma gösteren bir yapıdaki bileşenler anizotropik bir dağılım gösterirken, sözgelimi dalaktaki parankima hücreleri veya derin uzaydaki yıldızların dağılımı, izotropik (eşyönelimli) olarak kabul edilebilir.
B
Bilgisayar Destekli Stereoloji (Computer Assisted Stereology): Bilgisayar ve diğer teknolojik donanımların kullanımı ile insan hatasına daha az yer bırakacak şekilde, stereolojik metotoların hızlı ve güvenilir şekilde uygulanması.
Bilgisayar Destekli Stereoloji (Computer Assisted Stereology): Bilgisayar ve diğer teknolojik donanımların kullanımı ile insan hatasına daha az yer bırakacak şekilde, stereolojik metotoların hızlı ve güvenilir şekilde uygulanması.
Biyolojik Değişkenlik (Biological Variability): Bir topluluğu (populasyonu) oluşturan bireyler arasında, niceliksel değerler açısından ortaya çıkan farklılık. Çalışmalardaki değişkenliğe (varyasyona) en çok katkı yapan unsurlardan bir tanesidir.
Boyut Azalması Sorunu (Problem of Dimensional Reduction): İki boyutlu kesit düzlemi ile kesilerek görüntülenen tüm nesneler, gerçek boyut sayısının bir eksiğine sahip bir izdüşüm verirler. Örneğin, “bir” boyutlu bir “çizgi”, kesit düzlemi ile kesildiği takdirde, izdüşüm olarak “sıfır” boyutlu bir “nokta”; “üç” boyutlu bir nesne ise kesildiğinde, izdüşüm olarak “iki” boyutlu bir “alan” ortaya çıkarır. Bu durum, kesitler üzerinden üç boyutlu nesnelerin sayısal özelliklerini inceleyen araştırıcılar için önemli bazı sorunlara yol açmaktadır (bkz kurs CD’si).
C
Cavalieri Hesaplaması (Cavalieri Estimator): Cavalieri prensibi* ile yapılan tarafsız hacim hesaplaması.
Cavalieri Hesaplaması (Cavalieri Estimator): Cavalieri prensibi* ile yapılan tarafsız hacim hesaplaması.
Cavalieri Prensibi (Cavalieri’s Principle): 17. Yüzyılda yaşayan İtalyan matematikçi Bonaventura Cavalieri’nin geliştirdiği hacim hesaplama yöntemidir. Yöntem bu gün stereolojide, değişik şekilli objelerin hacimlerinin hesaplanmasında kullanılan tarafsız bir prensip haline gelmiştir. Prensibin temeli, bilinen aralıklarla yapıdan sistematik rasgele* olarak seçilen kalınlığı belli kesitlerin yüzeylerinden birinin alanını hesaplamak ve bu alanı, kesitin kalınlığı ile çarparak o kesitin hacmini bulduktan sonra, diğer kesitler için benzer şekilde elde edilmiş hacim değerlerini toplayıp, tüm yapının hacmini elde etmek şeklinde özetlenebilir (Nyengaard 1999; Bkz. Syf 1: Cavalieri Prensibi)
Çift Disektör (Double Disector): İki farklı bileşenin disektör* yöntemiyle eş zamanlı olarak sayılabildiği ve hesaplamalarda kesit kalınlığı değerinin kullanılmasını gerektirmeyen bir disektör uyarlaması (Marcussen 1992).
Çizgi Sondası (Line probe): Alan ölçümlerinde kullanılan ve sistematik olarak dizilmiş çizgilerden oluşan ölçüm sistemi.
Çok Basamaklı Parçalama (Multi-Stage Fractionator): Sistematik rasgele örnekleme* kuralların bağlı kalınarak, ardışık bir çok örnekleme basamağı içeren parçalama* planı.
D
Değişim Katsayısı (Coefficient of Variation; CV): Populasyonun standart sapmasının populasyon ortalamasında bölünmesi ile elde edilir. Grup değişkenliğinin bir ölçüsüdür (ayrıca bkz. Hata Katsayısı)
Değişim Katsayısı (Coefficient of Variation; CV): Populasyonun standart sapmasının populasyon ortalamasında bölünmesi ile elde edilir. Grup değişkenliğinin bir ölçüsüdür (ayrıca bkz. Hata Katsayısı)
Değişkenlik – Varyans (Variance): Örnekleme planından, hesaplama yönteminden, üzerinde çalışılan topluluğun (populasyonun) içkin özelliklerinden vb. kaynaklanan, tekrarlı hesaplamalar arasındaki farklılık miktarı.
Dijital Stereoloji (Bkz. Bilgisayar Destekli Stereoloji)
Dikey Kesit (Vertical Section): İzotropik ölçümler yapma amacıyla uygulanan özel bir örnekleme biçimi. Dikey kesitler üzerinde izotropik örnekleme yapmak için sikloid eğrileri gibi izotropik sondalar kullanılmalıdır (Bkz. Dikey Tasarım).
Dikey tasarım (Vertical Design): İncelenecek nesnenin dikey ekseni boyunca rasgele olarak döndürülmesi ile dikey bir yön elde edilir. Uygun biçimde örneklenen ve tekdüze yerleştirilen kesit düzlemlerinde, dikey eksen tanımlanabilir olmalıdır. İzotropik test çizgileri gerektiren bir dizi stereolojik hesaplayıcı, daha sonra bu örnekler üzerine uygulanabilir (Nyengaard 1999).
Dikey Tekdüze Rasgele (Vertical Uniform Random): Tekdüze ve rasgele olarak elde edilmiş dikey kesitler veya bunlara ait görüntüler (bkz. Tekdüze-rasgele).
Dilim (Slice): Belli bir kalınlığı olan ve iki adet kesme işlemiyle elde edilen örnek.
Disektör (Disector): Tanecik sayımında kullanılan ve iki kesitin karşılaştırılması esasına dayanan stereolojik yöntemdir. İki kesitin kullanıldığı bir araç anlamında “disector” olarak isimlendirilmiştir. Bilinen bir “t” mesafesi ile birbirinden ayrılmış ardışık, iki boyutlu, iki kesit düzleminin kullanılmasıyla oluşturulan üç boyutlu bir “sonda” yardımıyla, bilinen bir hacimde yer alan taneciklerin sayılarını, şekillerinden, büyüklüklerinden ve yönelimlerinden bağımsız olarak hesaplanabilmesini sağlar. Bu yöntem ilk defa Cruze–Orive tarafından tarif edilmiştir ve bu çalışma, ilk modern dizayn-tabanlı (design-based) stereolojik çalışma olarak kabul edilmektedir (Cruze-Orive 1980, Nyengaard 1999). Sayı parametresinin, herhangi bir ön kabul yapılmaksızın tarafsız (yani sistematik hatalardan bağımsız) olarak hesaplanmasını sağlayan disektör (disector) yöntemi ise, 1984 yılında Sterio tarafından yeniden tarif edilmiştir (ayritilar icin bkz. Sayfa 38; Sterio 1984).
Disektör (Disector): Tanecik sayımında kullanılan ve iki kesitin karşılaştırılması esasına dayanan stereolojik yöntemdir. İki kesitin kullanıldığı bir araç anlamında “disector” olarak isimlendirilmiştir. Bilinen bir “t” mesafesi ile birbirinden ayrılmış ardışık, iki boyutlu, iki kesit düzleminin kullanılmasıyla oluşturulan üç boyutlu bir “sonda” yardımıyla, bilinen bir hacimde yer alan taneciklerin sayılarını, şekillerinden, büyüklüklerinden ve yönelimlerinden bağımsız olarak hesaplanabilmesini sağlar. Bu yöntem ilk defa Cruze–Orive tarafından tarif edilmiştir ve bu çalışma, ilk modern dizayn-tabanlı (design-based) stereolojik çalışma olarak kabul edilmektedir (Cruze-Orive 1980, Nyengaard 1999). Sayı parametresinin, herhangi bir ön kabul yapılmaksızın tarafsız (yani sistematik hatalardan bağımsız) olarak hesaplanmasını sağlayan disektör (disector) yöntemi ise, 1984 yılında Sterio tarafından yeniden tarif edilmiştir (ayritilar icin bkz. Sayfa 38; Sterio 1984).
Disektör Çifti (Disector Pair): Disektör* uygulamasında kullanılan, birbirine paralel, ardışık kesit yada görüntü çiftleri
Disektör Tanecikleri (Disector Particles): Disektör uygulaması sırasında kesitlerden birinde izdüşümü bulunup, diğer kesitte bulunmayan taneciklerdir. Disektör taneciği Q- simgesi ile gösterilir. Çok değişik bir yapılanmaya sahip olmadıkça, genellikle, biyolojik yapılarda bulunan tanecik sayılarının disektörle hesaplanması için, tüm yapıda, yaklaşık olarak 700 taneciğin disektör sondaları ile örneklenip sayılabilmesi yeterlidir.
Disektör Yüksekliği (Disector Height): Disektör çiftleri arasında kalan mesafe. Ardışık kesitlerde disketör yüksekliği kesit kalınlığına eşdeğer iken, aralarında belirli bir örnekleme boşluğu bulunan kesit çiftleri söz konusu olduğunda disektör yüksekliği, arada atlanan kesitlerin kalınlıklarını da içerecek şekilde hesaplanmalıdır.
Disektör Yüksekliği (Disector Height): Disektör çiftleri arasında kalan mesafe. Ardışık kesitlerde disketör yüksekliği kesit kalınlığına eşdeğer iken, aralarında belirli bir örnekleme boşluğu bulunan kesit çiftleri söz konusu olduğunda disektör yüksekliği, arada atlanan kesitlerin kalınlıklarını da içerecek şekilde hesaplanmalıdır.
Doğruluk (Accuracy): Hesaplanan değerin “gerçek değer” ile örtüşme miktarı.
Doğrusal Büyütme (Linear Magnification): Bir optik sistemden elde edilen görüntünün, son haline gelene kadar geçirdiği bütün büyütme oranlarının toplanmasıyla elde edilen son büyütme oranı değeri.
Doku Büzüşmesi (Tissue Shrinkage): Dokuların, geçirdikleri histolojik takip işlemlerine veya biyolojik/patolojik değişikliklere bağlı olarak gösterdikleri hazim kaybı, büzüşme.
Doku Dilimleyicisi (Tissue Slicer): Küçük makroskobik nesneleri paralel dilimlere ayırmada kullanılan dilimleyici. Bir vida yardımıyla ileri geri istenen mesafelerde hareket ettirilebilen bir hareketli tabla ve bir bıçak desteğinden oluşmaktadır. Hareketli tabla üzerinde bulunan tırtıklı zemin üzerine agar içinde yerleştirilen yapı, tablanın istenen oranda ilerletilmesi ve bıçak desteği yardımıyla sabitlenen bir bıçakla kesme yoluyla paralel ve eşit aralıklı dilimlere ayrılabilir. Bu cihaz, Danimarka’da H.J.G Gundersen tarafından tasarlanmış olup, nesneden 0,5 milimetre aralıkla dilimler elde etmeyi sağlar.
Doku Dilimleyicisi (Tissue Slicer): Küçük makroskobik nesneleri paralel dilimlere ayırmada kullanılan dilimleyici. Bir vida yardımıyla ileri geri istenen mesafelerde hareket ettirilebilen bir hareketli tabla ve bir bıçak desteğinden oluşmaktadır. Hareketli tabla üzerinde bulunan tırtıklı zemin üzerine agar içinde yerleştirilen yapı, tablanın istenen oranda ilerletilmesi ve bıçak desteği yardımıyla sabitlenen bir bıçakla kesme yoluyla paralel ve eşit aralıklı dilimlere ayrılabilir. Bu cihaz, Danimarka’da H.J.G Gundersen tarafından tasarlanmış olup, nesneden 0,5 milimetre aralıkla dilimler elde etmeyi sağlar.
Dolaşımlı Örnekleme (Meander Sampling): Özellikle bilgisayar destekli stereoljoide, incelenmek istenen izdüşüm alanının belli adım alanlarına bölünerek, bu adımların sırayla ve sistematik olarak incelenmesi işlemi için kullanılan terim.
Döndürücü (Rotator): Sanal olarak tanecikleri döndürerek hacimlerini hesaplayan stereolojik yöntem.
Döndürücü (Rotator): Sanal olarak tanecikleri döndürerek hacimlerini hesaplayan stereolojik yöntem.
Düzeltme Faktörleri (Correction Factors): Mantık ve metot yanlışlıklarından ortaya çıkan bir takım hataları düzeltmek amacıyla kullanılan matematiksel formüller veya argümanlar (Haug 1986, Williams 1988).
Düzlem Sondası (Area Probe): Uzunluk hesaplamalarında kullanılan ve iki boyutlu düzlemlerden oluşan test sistemleri (tarafsız sayım çerçevesi* çoğunlukla bu amaç için de kullanılır).
E
Etkinlik/Verimlilik (Efficiency): Stereolojide, nispeten kısa bir zaman dilimi içerisinde, daha az değişkenlik gösteren verilerin elde edilebilmesi anlamında kullanılmaktadır. Stereolojik yöntemlerin en önemli özelliği, iş yükünü azaltarak, istenen doğrulukta sonuçların elde edilmesini sağlamalarıdır. Örneğin bir organdaki toplam hücre sayısını belirlemek için, o organın tümünü alıp hücreleri teker teker saymak, bazı küçük yapılar için mümkündür ancak çoğu yapı için imkansızdır. Bu mümkün olsa da, sayımı gerçekleştirmek çok uzun zaman alacağı ve rutin olarak kullanılamayacağı için, örnekleme yaparak var olan en uygun yöntemle bu değerleri tespit etmek, çok daha akla yakın ve çok daha pratiktir. Örnekleme yoluyla herhangi bir niceliği hesaplamak, ilgilenilen yapının tümünü temsil edebilecek küçük bir parça üzerinde ölçümler yapmak ve istediğimiz niceliğin değerini, bu örneğin tüm yapıya olan oranına bakarak hesaplamaya çalışmaktır. Elbette ki, örnekleme ve ardından yapılan ölçümlerden elde edilecek olan sonuçlar, gerçek değerden belli bir farklılık gösterecektir. Fakat çalışma sonuçları, istatistiksel olarak kabul edilebilir değişkenlik sınırları içerisinde tutulduğunda, elde edilen hesaplama değeri güvenilir bir sonuç olarak kabul edilir
Etkinlik/Verimlilik (Efficiency): Stereolojide, nispeten kısa bir zaman dilimi içerisinde, daha az değişkenlik gösteren verilerin elde edilebilmesi anlamında kullanılmaktadır. Stereolojik yöntemlerin en önemli özelliği, iş yükünü azaltarak, istenen doğrulukta sonuçların elde edilmesini sağlamalarıdır. Örneğin bir organdaki toplam hücre sayısını belirlemek için, o organın tümünü alıp hücreleri teker teker saymak, bazı küçük yapılar için mümkündür ancak çoğu yapı için imkansızdır. Bu mümkün olsa da, sayımı gerçekleştirmek çok uzun zaman alacağı ve rutin olarak kullanılamayacağı için, örnekleme yaparak var olan en uygun yöntemle bu değerleri tespit etmek, çok daha akla yakın ve çok daha pratiktir. Örnekleme yoluyla herhangi bir niceliği hesaplamak, ilgilenilen yapının tümünü temsil edebilecek küçük bir parça üzerinde ölçümler yapmak ve istediğimiz niceliğin değerini, bu örneğin tüm yapıya olan oranına bakarak hesaplamaya çalışmaktır. Elbette ki, örnekleme ve ardından yapılan ölçümlerden elde edilecek olan sonuçlar, gerçek değerden belli bir farklılık gösterecektir. Fakat çalışma sonuçları, istatistiksel olarak kabul edilebilir değişkenlik sınırları içerisinde tutulduğunda, elde edilen hesaplama değeri güvenilir bir sonuç olarak kabul edilir
Euler sayısı (Euler Number): Bir ağdaki elemanların sayısını hesaplamada kullanılabilen sıfır-boyutlu bir kavramdır. Bir elemanın topolojik bir tanımı, hesaplama için kullanılır (Nyengaard 1999).
F
Fazla Yansıma (Overprojection): Hesaplanan birim hacimdeki tanecik izdüşüm sayısının (NV), gerçek dokuda bulunandan daha fazla olmasına (overestimation) sebep olan hata (Oorschot 1994, Weibell 1969, Royet 1991). Saydam bir kesit ortamında saydam olmayan dışbükey yapıların varlığından kaynaklanır (bkz CD) Fazla yansıma taraflılığından kaçınmanın en iyi yolu, kesit düzlemlerini mümkün olduğunca ince almaktır (Nyengaard 1999).
F
Fazla Yansıma (Overprojection): Hesaplanan birim hacimdeki tanecik izdüşüm sayısının (NV), gerçek dokuda bulunandan daha fazla olmasına (overestimation) sebep olan hata (Oorschot 1994, Weibell 1969, Royet 1991). Saydam bir kesit ortamında saydam olmayan dışbükey yapıların varlığından kaynaklanır (bkz CD) Fazla yansıma taraflılığından kaçınmanın en iyi yolu, kesit düzlemlerini mümkün olduğunca ince almaktır (Nyengaard 1999).
Fiziksel Disektör (Physical Disector): Tanecik sayımı için kullanılan temel stereolojik yöntemlerden birisi (Sterio, 1984). Aralarında belli bir mesafe olan iki ardışık kesitin fiziksel olarak karşılaştırılmasını içerir. Fiziksel disektör yönteminin temel mantığı, sayılmak istenen taneciklerin “uçlarını” saymak olarak özetlenebilir. Taneciklerin herhangi bir yöndeki uçları sayıldığında, bu sayım, tanecik sayısına eşit olacaktır.
Fiziksel Parçalama (Physical Fractionator): Parçalama*nın ilk uygulanan biçimidir. Belli bir örnekleme şeması ile elde edilen organ parçalarında, fiziksel disektör yöntemi aracılığıyla tanecik sayımı yapılması ve buradan toplam tanecik sayısının hesaplanmasına dayanır.
Fiziksel Parçalama (Physical Fractionator): Parçalama*nın ilk uygulanan biçimidir. Belli bir örnekleme şeması ile elde edilen organ parçalarında, fiziksel disektör yöntemi aracılığıyla tanecik sayımı yapılması ve buradan toplam tanecik sayısının hesaplanmasına dayanır.
Fractionator (Bkz. Parçalama)
Fraktal Boyut (Fractal Dimension): Euclid (Öklid) geometrisindeki tam sayılı boyutlardan (1, 2 ve 3 boyut gibi) farklı olarak, sınır karmaşıklığı arttıkça “kesirli” boyutlar ortaya çıkar (2.31; 1,14 gibi). Bu tip kesirli boyutlara, Euclid boyutlarından ayırmak için “fraktal boyutlar” adı verilir. Doğal nesnelerin bir çoğunda karmaşık yüzey/sınır yapısı, boyutların fraktal kurallarla ifade edilmesini zorunlu kılmaktadır (bir bulut görüntüsünün veya bir sinir hücresi kesitinin kenar uzunluğu gibi). Ayrıca, biyolojik yapılarda ve doğada bulunan bir çok dallanma, çatallaşma, ayrışma ve karışma örüntüleri, fraktal kurallarla bağıntılıdır.
G
Gözlem Kesiti (Look-up Section): Disektör uygulamasında kullanılan kesit çiftlerinden, izdüşümlerin sayıma dahil edilmediği kesit.
Gözlem Kesiti (Look-up Section): Disektör uygulamasında kullanılan kesit çiftlerinden, izdüşümlerin sayıma dahil edilmediği kesit.
Gürültü Varyansı (Noise variance): Nokta sayımı veya obje sayımı gibi bir stereolojik sayım yönteminin bağımsız varyansı “gürültü” olarak adlandırılır. Gürültü ve sistematik örnekleme yönteminin neden olduğu hata katsayısı toplamı, sistematik stereolojik hesaplayıcıların hata katsayısıdır (Nyengaard 1999).
H
Hacim Payı – Hacim Oranı (Volume Fraction): Bir yapi içerisinde bulunan herhangi bir bileşenin, o yapının toplam hacmi içerisinde işgal ettiği hacim oranı.
Hacim Payı – Hacim Oranı (Volume Fraction): Bir yapi içerisinde bulunan herhangi bir bileşenin, o yapının toplam hacmi içerisinde işgal ettiği hacim oranı.
Hacim Sondası (Volume Probe): Sıfır boyutlu* tanecik sayısı parametresini elde etmek amacıyla kullanılan, sanal veya gerçek hacimlerden oluşan üç boyutlu test sistemi* (fiziksel ve optik disektör gibi)
Hacim Yoğunluğu (Volume Density): Birim hacme düşen bileşen hacmi miktarı (bkz: referans hacim).
Hacim-Ağırlıklı (Volume-Weighed): Her bir obje, hacmine göre istatistiksel bir seçilme ağırlığına sahiptir. Hacim büyüdükçe, seçilme olasılığı da artmaktadır (Nyengaard 1999). Dolayısıyla, hacimlerine göre tanecikleri örnekleyen herhangi bir örnekleme yöntemi, “hacim ağırlıklı” olarak nitelenir. Stereoloji*de, hacim değeri, ancak noktalarla örneklenebildiğinden (bkz. Sonda boyutu), sözgelimi noktalı bir cetvelle yapılan izdüşüm örneklemesi, hacim ağırlıklı bir örnekleme olacaktır.
Hata Katsayısı (Coefficient of Error; CE): Stereolojik bir çalışmada, örnekleme ve hesaplama yöntemlerinden kaynaklanan toplam hata miktarının istatistiksel bir ifadesidir. Hata katsayısı göz önüne alınarak örnekleme sıklığı ve ölçüm yoğunluğu kontrol edilebilir (Gundersen 1987, (Schimitz 1998, 1999, 2000, Hof 2000). Hata katsayısı, örneğin standart sapmasının örnek ortalamasına bölünmesi ile elde edilir. Bu değer, hesaplanan ortalamanın populasyon ortalamasına göre değişkenliğini gösterir. CE ve CV terimlerinin tanımları benzer olsa da, CV bir parametre iken, CE istatistiksel bir terimdir. İstatistik kaynaklarında CV hem bir parametre hem de bir istatistik olarak geçebilmektedir. Stereolojide ise kullanım alanları farklıdır. CV daha çok bireyler arasındaki değişkenliğe bağlı grup değşkenliği hakkında fikir verirken, CE bir bireyde yapılan ölçümlerin değşkenliğinin bir ölçüsüdür. Genellikle, bir çalışmanın yeterli niceliksel bilgi verebilmesi için, toplam hata katsayısının 0.05 değerinden daha az olması yeterli kabul edilir (Gundersen 1987).
Hata varyansı (Error Variance): Tarafsız hesaplamalar ve gerçek değer arasındaki rasgele oynamalardır. Bu örnekleme varyansı rasgele ve içkin bir hatadır; bu nedenle bir taraflılık değildir (Nyengaard 1999).
Holmes Etkisi (Holmes Effect): (Bkz. Fazla Yansıma Etkisi)
I-İ
İki Boyut (2 Dimensions): x ve y eksenleri
I-İ
İki Boyut (2 Dimensions): x ve y eksenleri
İki Boyutlu Nesne (2 Dimensional Object): Uzunluk ve genişliğe sahip obje, yüzey. Kesitlerde karşımıza çıkan tanecik izdüşümleri* genellikle, gerçek üç boyutlu* yapıların iki boyutlu görüntülerini temsil ederler.
İkinci Düzey Stereoloji (Second-Order Stereology): Taneciklerin uzaysal dağılımı, fraktal boyut* hesaplamaları gibi ileri düzey stereoloji tekniklerini içeren stereoloji dalı.
İkiz Mikroskop (Tandem Microcope): Bazı fiziksel disektör uygulamalarında, iki farklı kesiti eş zamanlı olarak görüntüleyebilmek için üretilmiş özel bir mikroskop biçimi.
İsektor (Isector): İsotropik kesit düzlemleri elde etmek amacıyla, küçük nesneleri küresel bir kalıba gömme şeklinde uygulanan basit bir yöntemdir. Küresel bloklara gömülen nesneler, blokların rasgele yuvarlanması sonrasında gömülerek eksilirler ve böylece içerdikleri nesnelerin izotropik kesitlerini almak mümkün olabilmektedir (Nyengaard 1999).
İkiz Mikroskop (Tandem Microcope): Bazı fiziksel disektör uygulamalarında, iki farklı kesiti eş zamanlı olarak görüntüleyebilmek için üretilmiş özel bir mikroskop biçimi.
İsektor (Isector): İsotropik kesit düzlemleri elde etmek amacıyla, küçük nesneleri küresel bir kalıba gömme şeklinde uygulanan basit bir yöntemdir. Küresel bloklara gömülen nesneler, blokların rasgele yuvarlanması sonrasında gömülerek eksilirler ve böylece içerdikleri nesnelerin izotropik kesitlerini almak mümkün olabilmektedir (Nyengaard 1999).
İstatistik (Statistics): Örnekten hesaplanan, örneği tanımlamak ve populasyona ilişkin tahminlerde bulunmak için kullanılan değerlerdir
İzdüşüm (Profıle): Herhangi bir yapının iki boyutlu bir düzlemle yaptığı kesişimi ve bu kesişim sonucunda ortaya çıkan iki boyutlu görüntüyü belirtir. Kesitlerde karşılaşılan hücre ve benzeri yapıların tümü, aslında bu yapıların kesit düzlemi ile kesişmeleri, yani mikrotomun bıçağı ile kesilmeleri sonucu ortaya çıkan izdüşümlerdir. İzdüşüm taneciğin iki boyutta temsilidir.
İzotropi – Eşyönelimlilik (Isotropy): Hücrelerin veya taneciklerin, dokuda veya üç boyutlu uzayda belirli bir yönelim tercihi göstermemesi. Anizotropi*nin tersi. İzotrpik bir yapı, nereden ve hangi açıdan bakılırsa bakılsın, aynı gibi gözlenir. Bilinen bir örnek olarak, derin uzaydaki yıldızların dağılımı izotropiktir ve uzay, tüm yönlerden benzer gözükür.
İzotropik Çizgi Sondaları (Isotropic Line Probes): Üç boyutlu uzayda eş-yönelimli (izotrpik*) olarak dağılım gösteren çizgi dizgeleri.
İzotropik Düzlem (Isotropic Plane): Üç boyutlu uzaydaki yönelimi eş-yönelimli (izotrpik*) olarak belirlenmiş düzlem veya düzlem dizgeleri.
İzotropik Örnekleme (Isotropic Sampling): Biyolojik yapılardaki yüzeyler, oldukça karmaşık organizasyon gösterir. Çoğunlukla ilgilenilen yapı veya yapı bileşenleri anizotropik* özellik gösterdiğinden, bunların her bir noktasına eşit örnekleme şansı verebilmek üzere, yöntemsel bir izotropi oluşturulmalıdır. Bu amaçla yapılan özel örnekleme planları genel olarak izotropik örnekleme planları olarak adlandırılırlar.
İzotropik tasarım (isotropic design): Örneklemede izotropi*, bütün uzaysal yönlerin eşit olarak seçilme/örneklenme şansına sahip olması anlamındadır. Bu nedenle tamamen rasgele yönelimdeki bir model, izotropik bir modeldir. Bu durum, stereolojik hesaplayıcıların izotropik test düzlemleri gerektirmesi durumunda önem taşımaktadır. İzotropik bir model sıklıkla, izotropik ve tekdüze rasgele kesit düzlemleri meydana getiren, tekdüze rasgele örnekleme ile birleştirilir(Nyengaard 1999).
İzotropik tasarım (isotropic design): Örneklemede izotropi*, bütün uzaysal yönlerin eşit olarak seçilme/örneklenme şansına sahip olması anlamındadır. Bu nedenle tamamen rasgele yönelimdeki bir model, izotropik bir modeldir. Bu durum, stereolojik hesaplayıcıların izotropik test düzlemleri gerektirmesi durumunda önem taşımaktadır. İzotropik bir model sıklıkla, izotropik ve tekdüze rasgele kesit düzlemleri meydana getiren, tekdüze rasgele örnekleme ile birleştirilir(Nyengaard 1999).
İzotropik Tekdüze Rasgele (Isotropic Unifrom Random): Tek bir sistematik aralık kullanılarak izotropik yönelimde elde edilmiş kesit örnekleri.
K
Kalın Dilim (Slab): Makroskobik kalınlıktaki dilimler için kullanılan bir terim.
Kalın Dilim (Slab): Makroskobik kalınlıktaki dilimler için kullanılan bir terim.
Kalın Dilimleyici (Slabber): Genellikle insan beyni gibi büyük hacimli yapıların sistematik* tekdüze* rasgele* paralel dilimlere ayrılması için kullanılmaktadır. Dilimlenmek istenen nesne veya organ, sınırlayıcı plaklar arasına yerleştirilip agar içerisine gömülür. Agar sertleştikten sonra plakalar çıkarılır ve sürücü vida yardımıyla hareketli taban istenilen miktarda ilerletilerek, bıçak oluklarından herhangi birinin yardımıyla, istenen aralıklarda kesitler elde edilebilir (Howard ve Reed, 1998).
Kalınlık Örnekleme Payı (Thickness Sampling Fraction; tsf): Optik disektör uygulamalarında, kesit kalınlığı içerisinde, kesit kalınlığından daha dar bir yükseklik içerisinde optik olarak sayım yapılır. Sayım yapılan bu yüksekliğin ortalama kesit kalınlığına oranı, kalınlık örnekleme oranı olarak ifade edilir.
Kalibrasyon (Calibration): Uygulanılan sayısal bir araştırma planının veya yönteminin, altın standart olarak kabul edilen bir başka yönteme göre ayarlanması, kalibrasyonu.
Kayıp Uç (Lost Caps): Kesitlerde gözlenen nesnelerin fiziksel olarak kayıp olması; ince bir kesitte optik olarak görülememesi veya kalın bir kesitin uçlarına yakın taneciklerin kesilmeden kalması/düşmesi sonucu ortaya çıkan durum (Nyengaard 1999). Dikkate alınmaması halinde hesaplamalarda önemi hatalara neden olabilir.
Kayıp Uç (Lost Caps): Kesitlerde gözlenen nesnelerin fiziksel olarak kayıp olması; ince bir kesitte optik olarak görülememesi veya kalın bir kesitin uçlarına yakın taneciklerin kesilmeden kalması/düşmesi sonucu ortaya çıkan durum (Nyengaard 1999). Dikkate alınmaması halinde hesaplamalarda önemi hatalara neden olabilir.
Kenar Etkisi (Edge Effect): Tanecik sayımlarında tarafsız sayım çerçevesi kullanılmadığında ortaya çıkan sistematik hata. Alan sınırlandırarak sayım yapma işinden kaynaklanan sorunlar olarak da tanımlanmaktadır (Gundersen 1977).
Kesinlik (Preision): Bir yöntemin, tekrarlanan ölçümler boyunca düşük değişkenlikler gösteren veri serileri sağlaması, sonuçların her zaman birbirine yakın olması. Bu durum doğruluk* (accuracy) ile karıştırlmamalıdır. Kesin bir değerler dizgesi veren yöntem, taraflı* olabilir.
Kesit (Section): Aslında üç boyutlu nesnelerden alınan iki boyutlu görüntüler anlamına gelen kesit terimi, stereolojide daha çok, belli bir kalınlığı olan ince histolojik dilimler için kullanılır.
Kesit kalınlığı (Section Thickness): Bir kesiti oluşturan iki kesme yüzeyi arasında kalan mesafe. Disektör yönteminde bu terim genellikle seçilen bir disektör çiftini oluşturan kesit düzlemleri arasında kalan mesafe anlamında kullanılır (bkz. Kesit Kalınlığı Hesaplama Yöntemleri, Disektör Yüksekliği).
Kesit Örnekleme Payı (Section Sampling Fraction; ssf): Bir yapıdan elde edilen tüm kesitler arasından sistematik rasgele olarak seçilen bir seri kesitin, sayıca, yapıdan çıkan tüm kesitlere oranı (örneğin, toplam 250 kesit elde edilen bir yapıdan 25 kesit sistematik rasgele olarak seçilmişse; kesit örnekleme oranı 25/250 olacaktır).
M
Mikrokator (Microcator): Mikroskop tablasının yukarı ve aşağı yönde, yani Z ekseni boyunca yaptığı hareketleri ölçmeye yarayan mekanik veya elektronik cihazların genel adı. Stereolojideki optik sayım ve ölçüm yöntemleri sırasında, kesit içinde optik olarak ilerleme miktarını ölçmede ve kesit kalınlığı hesaplamalarında kullanılır (Bkz. Kesit Kalınlığı Hesaplama Yöntemleri).
Mikrokator (Microcator): Mikroskop tablasının yukarı ve aşağı yönde, yani Z ekseni boyunca yaptığı hareketleri ölçmeye yarayan mekanik veya elektronik cihazların genel adı. Stereolojideki optik sayım ve ölçüm yöntemleri sırasında, kesit içinde optik olarak ilerleme miktarını ölçmede ve kesit kalınlığı hesaplamalarında kullanılır (Bkz. Kesit Kalınlığı Hesaplama Yöntemleri).
Model Temelli Stereoloji (Model-Based Stereology): Üzerinde çalışan nesne veya taneciklerin geometrik yapıları ile ilgili bazı ön kabuller yapılarak, nesnelerin kurmaca matematiksel modelleri üzerinden ölçüm yapılması esasına dayanan stereoloji dalıdır (örneğin, x organındaki tüm hücreler küreseldir; çapları ve hacimleri arasında şöyle bir ilişki vardır:… gibi). Gerçekte, yapılar modellenen geometrik özellikleri aynıyla taşımadıklarından, yöntemlerin taraflı sonuçlar verme riski yüksektir.
N
Nokta Sayımı (Point Counting): İzdüşüm yüzey alanı ve bileşen hacmi/hacim oranı hesaplamalarında, izdüşüm görüntüleri üzerine rasgele yerleştirilen sistematik nokta dizgesindeki noktalardan, ilgilenilen yapı izdüşümleri ile kesişenlerinin sayılması işlemi.
Nokta Sondası (Point Probe): Hacim ve hacim oranı değerlerinin ölçülmesinde ve hacim ağırlıklı örneklemelerde kullanılan, sistematik noktalardan oluşmuş test sistemi*.
Noktalı Alan Ölçüm Cetveli (Point Grid): Üzerinde temsil ettikleri alanları bilinen eşit aralıklı noktalardan oluşmuş, şeffaf bir alan ölçüm cetvelidir. (Bkz. Cavalieri Prensibi, Sayfa 1)
Nokta Sayımı (Point Counting): İzdüşüm yüzey alanı ve bileşen hacmi/hacim oranı hesaplamalarında, izdüşüm görüntüleri üzerine rasgele yerleştirilen sistematik nokta dizgesindeki noktalardan, ilgilenilen yapı izdüşümleri ile kesişenlerinin sayılması işlemi.
Nokta Sondası (Point Probe): Hacim ve hacim oranı değerlerinin ölçülmesinde ve hacim ağırlıklı örneklemelerde kullanılan, sistematik noktalardan oluşmuş test sistemi*.
Noktalı Alan Ölçüm Cetveli (Point Grid): Üzerinde temsil ettikleri alanları bilinen eşit aralıklı noktalardan oluşmuş, şeffaf bir alan ölçüm cetvelidir. (Bkz. Cavalieri Prensibi, Sayfa 1)
Nokta-örnekli doğrusal kesişimler (point-sampled intercepts): Hacim-ağırlıklı hacmin hesaplanmasında kullanılan iki-aşamalı bir örnekleme/ölçüm yöntemdir. Öncelikle, objeler test noktaları kullanılarak hacimleri ile orantılı olarak örneklenir. Daha sonra, her bir obje hacmi, objedeki test noktası boyunca geçen bir izotropik doğrusal kesişim uzunluğunun ölçülmesi ile hesaplanır. Elde edilen değer, hacim-ağırlıklı, ortalama bir hacim değeridir (Nyengaard 1999).
Noktayla İlişkili Alan (Point-associated area): Noktalı alan ölçüm cetvelindeki her bir noktanın temsil ettiği alan. Bu birim alana, noktayla ilişkili alan adı da verilir ve P(a) simgesi ile gösterilir.
Numerik yoğunluk: (Bkz. Sayısal Yoğunluk)
Nükleatör (Nucleator): İki-aşamalı, sayı-ağırlıklı, yerel bir boyut hesaplayıcısıdır. Öncelikle, objeler disektör kullanarak sayıları ile orantılı olarak örneklenir. İkincil olarak, her bir objenin hacmi, bir hücrenin çekirdekçik gibi belli bir noktasından sınırına kadar olan mesafenin ölçülmesi ile hesaplanır. Elde edilen değer, sayı-ağırlıklı ortalama hacimdir (Nyengaard 1999).
O-Ö
Optik Disektör (Optical Disector): Sayısal açıklığı yüksek olan merceklerle, nispeten kalın bir doku kesiti içerisinde optik olarak ilerleyerek alınan sanal kesitlerde tanecik sayımı yapmak şeklinde uygulanan stereolojik tanecik sayım yöntemi. Fiziksel disektör ile temelde aynı mantığa sahip olmakla birlikte, uygulamada bir takım farklılıklar gösterir.
O-Ö
Optik Disektör (Optical Disector): Sayısal açıklığı yüksek olan merceklerle, nispeten kalın bir doku kesiti içerisinde optik olarak ilerleyerek alınan sanal kesitlerde tanecik sayımı yapmak şeklinde uygulanan stereolojik tanecik sayım yöntemi. Fiziksel disektör ile temelde aynı mantığa sahip olmakla birlikte, uygulamada bir takım farklılıklar gösterir.
Optik Disektör Sondası (Optical Disector Probe): Üç boyutlu sayım kutucuklarıdır. Tarafsız sayım çerçevesinin üç boyutlu eşdeğeri olarak düşünülebilir. Tarafsız sayım çerçevesi, sanal olarak doku kesiti içerisinde ilerletildiğinde, üç boyutlu sanal bir optik disektör sondası oluşturulmuş olur. Bu sonda ile yapılacak sayımın kuralları ise, iki boyutlu tarafsız sayım çerçevesinin sayım kurallarının, üç boyuta aktarılmış halidir.
Optik Kesit (Optical Section): Şeffaf ve kalın bir doku kesiti içerisinden herhangi bir derinlikte, odak düzlemi ile alınan sanal kesit görüntüsüdür.
Optik Parçalama (Optical Fractionator): Fiziksel disektör sayım yöntemi ile sistematik rasgele örnekleme şemasının birleşiminden oluşan bir toplam nicelik hesaplama yöntemi. Optik parçalamada, sonuçta yapılan tanecik sayımı, tek bir kalın kesit içinde optik olarak ilerlenerek oluşturulan optik disektör sondaları ile yapılır. Bu yüzden optik parçalama adıyla anılır. Fiziksel parçalamada iki ayrı kesitin karşılaştırılmasından kaynaklanan problemler optik parçalamada görülmez. Optik parçalama, tabakalı yapılaşma gösteren, anizotropik yapılar için uygun bir yöntemdir.
Oryantatör (Orientator): Büyük objelerde izotropik kesit düzlemleri elde etmeye yarayan iki-aşamalı bir kesit alma yöntemi. Öncelikle kesilecek nesne, çevresi boyunca eşit aralıklarla bölütlenmiş bir daire üzerine yerleştirilir. Rasgele bir sayı seçilerek, çemberde bu dairenin denk geldiği nokta ile merkezi birleştiren bir doğru üzerinden ilk kesi yapılır. Bu kesiden elde edilen parça, daha sonra sinüs ağırlıklı olarak bölütlenmiş bir başka yönelim skalası ile tekrar rasgele bir doğrultuda kesilir ve böylece yapıdan izotropik bir kesit örneği elde edilmiş olur (Nyengaard 1999).
Örnek Kesit (bkz. Sayım Kesiti)
Örneklem (Sample): Çekildiği populasyonu en iyi biçimde temsil ettiği düşünülen, üzerinde durulan özellik bakımından sınırlı sayıda birey içeren topluluk
Örnekleme Birimi (Sampling Unit): Örnekte yer alan her bir deney ünitesi
Örnekleme Stratejisi (Sampling Strategy): Örneğin populasyonu en iyi temsil edecek biçimde seçilmesine ilişkin belirlenecek örnekleme yöntemi
P
Paralel Dilimleme Bıçağı (Slicer Blades): Paralel dilimleme işlemleri için kullanılan dilimleme aracı. Bu basit araç, mikrotom bıçaklarının takılabileceği iki adet ray ve mikrotom bıçaklarını belli aralıklarla birbirlerinden ayırmak üzere kullanılan değişik kalınlıklarda çelik pullardan oluşmaktadır. Bu araç yardımıyla uygun büyüklükte objeler paralel ve eşit aralıklı dilimlere ayrılabilmektedir. (Şahin ve ark. 2001).
Parçalama – Fraksiyonlama (Fractionator): Bir objenin bilinen ve önceden belirlenmiş bir parçasının, genellikle birkaç farklı örnekleme basamağında örneklenöesinin ardından toplam nicelik hesaplaması için kullanıldığı bir hesaplama yöntemidir. Son örnekte hesaplanan sayısal nicelik değeri, tüm basamaklardaki örnekleme oranlarının tersi ile çarpılarak, toplam yapısal nicelik (hücre sayısı, damar uzunluğu, toplam yüzey alanı vb) hesaplanır, (Nyengaard 1999).
Paralel Dilimleme Bıçağı (Slicer Blades): Paralel dilimleme işlemleri için kullanılan dilimleme aracı. Bu basit araç, mikrotom bıçaklarının takılabileceği iki adet ray ve mikrotom bıçaklarını belli aralıklarla birbirlerinden ayırmak üzere kullanılan değişik kalınlıklarda çelik pullardan oluşmaktadır. Bu araç yardımıyla uygun büyüklükte objeler paralel ve eşit aralıklı dilimlere ayrılabilmektedir. (Şahin ve ark. 2001).
Parçalama – Fraksiyonlama (Fractionator): Bir objenin bilinen ve önceden belirlenmiş bir parçasının, genellikle birkaç farklı örnekleme basamağında örneklenöesinin ardından toplam nicelik hesaplaması için kullanıldığı bir hesaplama yöntemidir. Son örnekte hesaplanan sayısal nicelik değeri, tüm basamaklardaki örnekleme oranlarının tersi ile çarpılarak, toplam yapısal nicelik (hücre sayısı, damar uzunluğu, toplam yüzey alanı vb) hesaplanır, (Nyengaard 1999).
Parametre (Parameter): Populasyonu tanımlamak için kullanılan populasyondan elde edilmiş değerlerdir.
Planimetrik Yöntemler (Planimetric Methods): İzdüşümlerin sınırlarının bilgisayar yardımıyla belirlenmesi ve yine bu belirlenen alanlar içinde ölçümler yapılmasını içeren yöntemlerin genel adı.
Populasyon (Population): Belirli bir özelliğe sahip deney ünitelerinin tümünün oluşturduğu topluluk (bir deney grubundaki sıçanlar; bir hayvandaki karaciğer hücreleri vb).
Probe (bkz. Sonda)
R
Rasgele Örnekleme (Random Sampling): Seçilen örneklerin tamamen rasgele bir dağılımla belirlendiği örnekleme yöntemidir.
Rasgele Örnekleme (Random Sampling): Seçilen örneklerin tamamen rasgele bir dağılımla belirlendiği örnekleme yöntemidir.
Rasgele Sayı Tabloları (Random Number Tables): Rasgele sayılardan oluşmuş sayı dizgeleridir. Bu dizgeler stereolojide, sistematik rasgele örnekleme başlangıç basamaklarının belirlenmesinde sıklıkla kullanılırlar.
Referans Hacim (Reference Volume; Vref ): İlgilenilen tüm bileşenleri içeren ve sınırları belli olan toplam hacim.
Referans Hacim (Reference Volume; Vref ): İlgilenilen tüm bileşenleri içeren ve sınırları belli olan toplam hacim.
Referans Tuzağı (Reference Trap): Taneciklerle ilgili yoğunluk* değerleri incelenir veya rapor edilirken, yapının toplam (referans*) hacim değişimleri bilinmediğinde, yanıltıcı biyolojik yorumlara ulaşılabilir. Bu durum, referans tuzak olarak adlandırılır (Casley-Smith, 1988).
Rotator: Nükleatör* gibi iki aşamada gerçekleştirilen, sayı-ağırlıklı, yerel boyut (hacim) hesaplayıcısıdır. Ancak, ölçüm ve hesapların detayları farklıdır (Nyengaard 1999).
S-Ş
Sayı-ağırlıklı (Number-Weighted): Her bir nesnenin, şekil ve boyutu ne olursa olsun, boyutsal özelliklerinden bağımsız olarak eşit istatistiksel ağırlığa sahip olması durumu (Nyengaard 1999).
Sayı-ağırlıklı (Number-Weighted): Her bir nesnenin, şekil ve boyutu ne olursa olsun, boyutsal özelliklerinden bağımsız olarak eşit istatistiksel ağırlığa sahip olması durumu (Nyengaard 1999).
Sayım Alanı (Counting Area): Tanecik sayımı yapılırken çalışılan alanlar genelde çok geniş olduğundan ve içerdiği tüm izdüşümler sayılamayacağından, görüntü alanında bir bölgeyi sınırlandırmak gerekir. Bu bölge sayım alanı olarak adlandırılır. Tanecik sayımlarında yapılan bu sınırlandırma, genellikle, görüntü alanına kare veya dikdörtgen şekilli bir çerçeve yerleştirilerek gerçekleştirilir.
Sayım Kesiti - Örnek Kesit (Reference Section): Disektör uygulamasında kullanılan kesit çiftlerinden, izdüşümlerin sayıma dahil edildiği kesit. Ülkemizde yapılan ilk stereolojik çalışmalarda “örnek kesit” olarak kullanılan bu terim, ifade ettiği anlamdan dolayı karışıklığa sebep olduğundan daha sonra sayım kesiti olarak kullanılmaya başlamıştır.
Sayım Kutusu (Counting Box; Unbiased Counting Brick): İncelenen kesit kalınlığı içerisinde belli bir yüksekliğe sahip üç boyutlu optik disektör sondaları olarak düşünülebilir. Bu üç boyutlu sondaların yüksekliği ile, kenarlarını oluşturan tarafsız sayım çerçevesinin alnının çarpımı, bize disektör sondasının hacmini verir.
Sayısal Yoğunluk (Numerical Density; NV): Bir birim hacimde bulunan tanecik sayısı. Bir disektör hacmi içinde sayılan taneciklerin toplam sayısı (N), disektör hacmine bölünürse, taneciklerin birim hacimde kaç adet bulunduklarını yani sayısal yoğunlukları tespit edilebilir (Gundersen 1986). Deneysel çalışmalar sırasında elde edilen mikroskobik kesitlerden sistematik ya da rasgele olarak birkaç tanesinin incelenmesi sonucunda ilgilenilen yapı bileşeninin kesitlerde gözlenen miktarı, taneciklerin sayısal yoğunluğu olarak tanımlanır.
Seçici –(Selector): Cruz-Orive tarafından 1987 yılında tanımlanmış olan ve kesit kalınlığını bilmeye gerek kalmadan stereolojik hesaplamalar yapılmasını sağülayan bir hesaplama yöntemi.
Selektör (bkz. Seçici)
Seri Kesitler (Serial Sections): Ardışık olarak alınan kesit serileri.
Sıfır Boyutlu (Zero dimensional): “Nokta” olarak tanımlanan geometrik nesnenin boyut sayısı; stereolojide ayrıca herhangi bir boyutsal parametre içememe, boyutsal özelliklerden bağımsız olma anlamlarında kullanılır. Örneğin taneciklerin sayısı, boyutsal özelliklerinden bağımsız olduğu için “sıfır boyutlu”dur ve ancak üç boyutlu bir sonda (hacim sondası*) ile doğru olarak hesaplanabilir.
Sikloid Yay (Cycloid Arc): Bir doğruyla teğet durumda bulunan bir dairenin doğru üzerinde yuvarlanması sırasında, ilk baştaki teğet noktasının izlediği yol. Sikloid bir kavis, sinüs yoğunluklu bir uzunluk dağılımına sahiptir. Sikloidler stereolojide en çok dikey kesit düzlemlerinde yüzey alanı veya alan yoğunluğu hesaplamaları için kullanılırlar (Nyengaard 1999).
Sistematik Tekdüze Rasgele Örnekleme (Systematic Unifrom Random Sampling; SURS): Sistematik bir önrekleme serisinin, ilk sistematik aralıkta rasgele bir noktadan başlatılması ile elde edilen örnekleme biçimi. Biyolojik çalışmalar için bilinen en verimli örnekleme yöntemidir. Bu yöntem, adından da anlaşılacağı üzere, bir yapıdan hem sistematik, yani önceden belirlenen sabit bir aralıkla ve hem de rasgele bir tarzda örnekleme yapılmasını mümkün kılar.
Sistematik Tekdüze Rasgele (Systematic Uniformly Random): Örnekleme, sistematik ve rasgele bir bileşen ile gerçekleştirilir. 100 sayılık bir dilim topluluğundan yaklaşık altı dilimlik bir örnekleme elde etmek istendiğini, yani sistematik örnekleme aralığının 16’lık bir örnekleme aralığı olduğunu varsayalım. Rasgele örnekleme bileşenini 1 ile 6 arasında bir sayı, örneğin 5 olarak alırsak, sistematik, tekdüze örneklenen dilimler, 5, 21, 37, 53, 69 ve 85 şeklinde olacaktır (Nyengaard). Bu rasgelelik, aynı sistematik aralıkla tüm örneklere uygulandığında tekdüze sistematik rasgele örnekler elde edilir.
Small’un “Küçük Katlantı” Yöntemi (Small’s “Small Fold” Method): Elektron mikroskobik kesitlerde kesit kalınlığını ölçmekte kullanılan yöntemlerden birisi. Kesitler üzerinde bulunması muhtemel katlantılardan en küçük olanı bulunarak kalınlığı ölçülür. Bu kalınlık, kesit kalınlığının iki katına (2t) eşittir.
Small’un “Küçük Katlantı” Yöntemi (Small’s “Small Fold” Method): Elektron mikroskobik kesitlerde kesit kalınlığını ölçmekte kullanılan yöntemlerden birisi. Kesitler üzerinde bulunması muhtemel katlantılardan en küçük olanı bulunarak kalınlığı ölçülür. Bu kalınlık, kesit kalınlığının iki katına (2t) eşittir.
Sonda (Probe): İlgilenilen yapıya, elde edilmek istenen veriye bağlı olarak sorulan ‘geometrik sorular’ olarak tanımlanabilir. Stereolojik sondalar, bir, iki ve üç boyutlu olabilirler. Bir yüzey üzerindeki belli bir alanı sınırlandırarak ayırıp, burada ölçümler yapmak, iki boyutlu sondaya örnek olarak verilebilir. Benzer şekilde, üç boyutlu bir hacim içerisinden alınan sınırlı küçük bir hacim de, üç boyutlu bir sonda olarak düşünülebilir ki bu, partikül sayımı için kullanılan tipik bir sondadır. Stereolojik sondalar, ilgilenilen parametrenin boyutsal özelliklerine göre seçilir. Örneğin, bir hacim içerisinde bulunan partiküllerin sayısını belirlemek istediğimizde, üç boyutlu bir sonda kullanmak zorundayız. Çünkü, sayı kavramı, hiçbir boyutsal özellikle ilgili değildir. Büyük olsun, küçük olsun, tüm partiküllerin sayısal olarak değeri 1 dir. Dolayısıyla, sayı parametresi, boyutsuz bir parametredir. Boyutsuz bir parametre ise, ancak üç boyutlu bir hacim içinde örneklenebilir. Benzer şekilde, tek boyutlu uzunluk parametresi, iki boyutlu bir düzlem sondası ile; iki boyutlu yüzey parametresi, tek boyutlu bir çizgi sondası ile; ve nihayet üç boyutlu hacim parametresi de, sıfır boyutlu nokta sondası ile örneklenebilir. Dikkat edilirse, ilgili parametrenin boyutu ile onun örneklendiği sondaların boyutlarının toplamı, üçe eşittir. Yani, uygun sondalarla yapılan uygun örneklemeler, bize ilgilenilen parametrenin, gerçekte bulunduğu üç boyutlu uzaydaki durumu hakkında bilgi verir.
Sonda Boyutu (Probe Dimension): Stereolojik sondayı oluşturan geometrik biçimin boyut sayısı. Nokta sondası sıfır, çizgi sondası bir, düzlem (alan) sondası iki ve hacim sondası ise üç boyutlu sondalardır.
Stereoloji (Stereology): Yapıların iki boyutlu kesit görüntülerinden, onların üç boyutlu özelliklerinin anlaşılmasıyla ilgilenen bir bilim dalıdır. Stereoloji, terim olarak eski olmasına rağmen, günümüzde yeni metotların ortaya çıkışı ile, niceliksel araştırmalardaki önemi son yıllarda artmıştır.
Stereolojik Araçlar (Stereological Tools): Disektör, fractionator gibi stereolojik yöntemleri topluca ifade eden bir terimdir.
Stereolojik Ölçüm Cetvelleri (Stereological Measurement Grids): Stereolojik ölçüm sondası* dizgelerinden oluşan ve kesit görüntüleri üzerine uygulanan ölçüm araçlarının tümü.
Stokastik Geometri (Stochastic Geometry): Matematiğin, rastlantısal (stokastik) geometrik oluşumlarla ilgilenen dalı.
T
Tanecik (Particle): Tanecik ilgilenilen doku bileşeni olarak ifade edebiliriz. Bu sözcüğün anlamı ve içeriği, yaptığımız çalışmaya göre değişir. Örneğin, böbrekteki glomerüllerle ilgilenilen bir çalışmada glomerül; sinir hücrelerinin hacmi konulu bir çalışmada ise sinir hücresi tanecik olarak isimlendirilir.
Tanecik (Particle): Tanecik ilgilenilen doku bileşeni olarak ifade edebiliriz. Bu sözcüğün anlamı ve içeriği, yaptığımız çalışmaya göre değişir. Örneğin, böbrekteki glomerüllerle ilgilenilen bir çalışmada glomerül; sinir hücrelerinin hacmi konulu bir çalışmada ise sinir hücresi tanecik olarak isimlendirilir.
Taraflı Yöntem (Biased Method): Gerçek değerden sistematik bir sapma gösteren ölçümleri belirtmek için kullanılan bir terimdir. Eğer bir yöntem doğa ve uygulaması sırasında ön kabuller içeriyorsa, sonuçlar gerçek değerden istatistiksel olarak sistematik bir sapma gösterecektir.
Taraflılık (Bias): Hesaplanan ortalama değer ile gerçek değer arasındaki sistematik farklılıktır (Nyengaard 1999).
Tarafsız (Unbiased): Tekrarlayan ölçümler sonucu, gittikçe gerçek değere yaklaşan, yani gerçek değerden sistematik bir sapma göstermeyen ölçümleri belirtmek için kullanılan bir terimdir. İçerisinde örneklemenin işe karıştığı bir ölçüm yöntemi, doğru sonuçların elde edilebilmesi için, tarafsız olmalıdır. Eğer bir yöntem doğası veya uygulanması sırasında yapılması gereken kabuller gereği bir taraflılık, yani gerçek değerden sabit bir sapma içeriyorsa, sonuçlar çoğu zaman gerçek değerden farklı olabilir.
Tarafsız Sayım Çerçevesi (Unbiased Counting Frame): Tanecik sayımı sırasında her bir taneciğin yalnızca bir defa örneklenmesini sağlamayan sayım çerçevesi (bkz. Fiziksel ve Optik Disektör, sayfa 38).
Tasarım Temelli Stereoloji (Design-Based Stereology): Sayısal özellikleri hesaplanmak istenen yapılar hakkında herhangi bir ön kabul yapılmadan, çalışma tasarımına bağlı olarak verilerin elde edildiği stereoloji alanı. Günümüzde “tarafsız” olarak atıf yapılan stereolojik metotların büyük bir çoğunluğu bu gruptandır.
Tekdüze Rasgele (Uniform-Random): Tüm topluluktaki her bir bileşen veya noktanın örneklenme olasılığının eşit olması (Nyengaard 1999).
Test Sistemi (Test System): Stereolojik sonda*ların sistematik olarak dizilmesi ise oluşturulan dizgeler ve bunların oluşturduğu ölçüm araçlarını niteleyen genel ifade (bkz. Stereolojik Ölçüm Cetvelleri).
Toplam Tanecik Sayısı (N): Birim hacimdeki tanecik sayısının (Nv) toplam hacimle çarpılması ile elde edilir (Cavalieri-Disektör bileşkesi ile toplam sayı hesaplaması).
U-Ü
Uyarlanmış optik disektör (Modified Optical Disector): Optik disektör* yönteminin, kesitlerde alt ve üst güvenlik kuşakları bırakılmadan tamamının örneklenmesi şeklinde uygulanan biçimi. Dolayısıyla bu teknikle, kesitin sadece orta kısmının değerlendirildiği optik disektör uygulamalarına göre, gerçeğe daha yakın sonuçlar elde edilebilmesi amaçlanmaktadır.
Uyarlanmış optik disektör (Modified Optical Disector): Optik disektör* yönteminin, kesitlerde alt ve üst güvenlik kuşakları bırakılmadan tamamının örneklenmesi şeklinde uygulanan biçimi. Dolayısıyla bu teknikle, kesitin sadece orta kısmının değerlendirildiği optik disektör uygulamalarına göre, gerçeğe daha yakın sonuçlar elde edilebilmesi amaçlanmaktadır.
Uzunluk Yoğunluğu (Length Density): Birim hacme düşen uzunluk miktarı.
Üç Boyutlu Nesne (3 Dimensional Object): uzunluk, genişlik ve yüksekliğe sahip nesneler.
Üç Boyutlu Nesne (3 Dimensional Object): uzunluk, genişlik ve yüksekliğe sahip nesneler.
Üç Boyutlu Nokta Dizgesi (Three Dimensional Point Array): Cavalieri prensibi ile hacim hesaplamasında, seri kesitler boyunca rasgele olarak kesit görüntüleri üzerine uygulanan sistematik noktalı alan ölçüm cetvellerinin, tüm kesitler boyunca, yapının tüm hacmi içerisinde oluşturduğu sanal nokta dizgesi.
Üç boyutlu yeniden yapılandırma (3D reconstruction): Disektör uygulamaları esnasındaki hata kaynaklarının sonuçları etkileyip etkilemediğini doğrulamak ve çalışmalar sonunda elde edilen farklı sonuçlardan doğan problemlere karşı kalibrasyon*, bir çözüm olarak gösterilmektedir. Bazı araştırmacılar tüm yeni ölçüm yöntemlerinin kalibre edilmesi gerektiğini savunmaktadırlar. Kalibrasyonun temelini elde edilen kesitlerin tekrar bir araya getirilip hesaplanması oluşturmaktadır. Bu yöntem “3-boyutlu yeniden yapılandırma” (3D reconstruction) olarak adlandırılır. İlk bakışta oldukça fazla bir iş yükü gerektirir gibi gözükse de, aslında basit ve uygulaması kolaydır.
V
Varyans (bkz. Değişkenlik)
Varyans (bkz. Değişkenlik)
Veronoi Parsellemesi (Veronoi Tesellations): Kesitlerde gözlenen tanecik izdüşümlerinin komşuluk ve yoğunluklarını sayısal olarak ifade etmeye yarayan bir yöntem (bkz. İkinci Düzey Stereoloji).
Y
Yapay Kenarlar (Artificial Edges): kesme işlemi sonucunda oluşan ve yapıların doğal hallerinde bulunmayan kenarlar. Bazı hesaplamalarda dikkat edilmesi gereken taraflılık unsurları ortaya çıkarabilirler.
Yapay Kenarlar (Artificial Edges): kesme işlemi sonucunda oluşan ve yapıların doğal hallerinde bulunmayan kenarlar. Bazı hesaplamalarda dikkat edilmesi gereken taraflılık unsurları ortaya çıkarabilirler.
Yasak Kenar (Forbidden Line): Tarafsız sayım çerçevesinde* genellikle kırmızı renkle gösterilen ve isabet eden izdüşümlerin * sayım dışı bırakıldığı çizgiler.
Yasak Yüzey (Forbidden Surface): Optik disektör* uygulamalarında, tarafsız sayım çerçevesi*nin sanal bir disektör hacmi oluşturmak üzere, kalın bir kesit içerisinde optik olarak hareket ettirilmesi sırasında oluşan sanal “sayım kutusunu”nun, çerçevenin yasak kenarları tarafından süpürülerek oluşturulan yüzeyleri.
Yıldız Hacmi (Star Volume): Obje içindeki rasgele bir noktadan açık olarak görülebilen ortalama obje hacmi olarak tanımlanır. Nokta-örnekli doğrusal kesişimler kullanılarak hesaplanır (Nyengaard 1999).
Yoğunluk (Density): Çoğu stereolojik hesaplayıcılar, bir obje fazı miktarının toplam referans hacmine oranını verirler. Bu oran hesapları yoğunluklar olarak bilinir. Örnekleri, hacim yoğunluğu, Vv, yüzey yoğunluğu, Sv, uzunluk yoğunluğu, Lv ve sayısal yoğunluk, Nv’dir (Nyengaard 1999).
Yönelim (Direction, Orientation): Üç boyutlu uzaydaki yön tercihi.
Yüzey Alanı (Surface Area): Yüzey alanı ve yüzey alan yoğunluğu değerleri, yüzey bağımlı biyolojik fonksiyonlar için belirleyici bir parametredir. Örneğin, akciğerlerdeki toplam hava değişim yüzeyi, akciğer fonksiyonu için iyi bir belirteçtir.
Yüzey Alanı (Surface Area): Yüzey alanı ve yüzey alan yoğunluğu değerleri, yüzey bağımlı biyolojik fonksiyonlar için belirleyici bir parametredir. Örneğin, akciğerlerdeki toplam hava değişim yüzeyi, akciğer fonksiyonu için iyi bir belirteçtir.
Yüzey Yoğunluğu (Surface Density): Birim hacme düşen yüzey miktarı (örn: mikrometrekare/mikrometreküp)
İNGİLİZCE TERİMLER DİZİNİ
Aşağıda stereoloji literatüründe sıklıkla kullanılan terimlerin listesi yer almaktadır. Harf sırasına göre dizilmiş olan İngilizce terimlerin parantez içinde verilen/önerilen Türkçe karşılıklarına ait açıklamaları yukarıdaki sözlükte bulabilirsiniz.
Accuracy (Doğruluk)
Anisotropy (Anizotropi)
Area Probe (Düzlem Sondası)
Area Sampling Fraction; asf (Alan Örnekleme Oranı-Payı)
Artificial Edges (Yapay Kenarlar)
Bias (Taraflılık)
Biased Method (Taraflı Yöntem)
Biological Variability (Biyolojik Değişkenlik)
Calibration (Kalibrasyon)
Cavalieri Estimator (Cavalieri Hesaplaması)
Cavalieri’s Principle (Cavalieri Prensibi)
CE: Coefficient of Error (Hata Katsayısı)
Computer Assisted Stereology (Bilgisayar Destekli Stereoloji)
Correction Factors (Düzeltme Faktörleri)
Counting Area (Sayım Alanı)
Counting Box (Sayım Kutusu)
CV; Coefficient of Variation (Değişim Katsayısı)
Cycloid Arc (Sikloid Yay)
Density (Yoğunluk)
Design-Based Stereology (Tasarım Temelli Stereoloji)
Digital Stereology (Bilgisayar Destekli Stereoloji)
Dimensional Reduction Problem (Boyut Azalması Sorunu)
Direction (Yönelim)
Disector (Disektör)
Disector Height (Disektör Yüksekliği)
Disector Pair (Disektör Çifti)
Disector Particles (Disektör Tanecikleri)
Double Disector (Çift Disektör)
Edge Effect (Kenar Etkisi)
Efficiency (Etkinlik/Verimlilik)
Error Variance (Hata Varyansı)
Euler Number (Euler sayısı)
Forbidden Line (Yasak Kenar)
Forbidden Surface (Yasak Yüzey)
Fractal Dimension (Fraktal Boyut)
Fractionator (Parçalama – Fraksiyonlama)
Fractionator (Parçalama)
Holmes Effect (Fazla Yansıma Etkisi)
Isector (İsektor)
Isotropic Design (İzotropik Tasarım)
Isotropic Line Probes (İzotropik Çizgi Sondaları)
Isotropic Plane (İzotropik Düzlem)
Isotropic Sampling (İzotropik Örnekleme)
Isotropic Unifrom Random (İzotropik Tekdüze Rasgele)
Isotropy (İzotropi – Eşyönelimlilik)
Length Density (Uzunluk Yoğunluğu)
Line probe (Çizgi Sondası)
Linear Magnification (Doğrusal Büyütme)
Look-up Section (Gözlem Kesiti)
Lost Caps (Kayıp Uç)
Meander Sampling (Dolaşımlı Örnekleme)
Microcator (Mikrakator)
Model-Based Stereology (Model Temelli Stereoloji)
Modified Optical Disector (Uyarlanmış Optik Disektör)
Multi-Stage Fractionator (Çok Basamaklı Parçalama)
Noise Variance (Gürültü Varyansı)
Nucleator (Nükleatör)
Number-Weighted (Sayı-ağırlıklı)
Numerical Density; NV (Sayısal Yoğunluk)
Optical Disector (Optik Disektör)
Optical Fractionator (Optik Parçalama)
Optical Section (Optik Kesit)
Optik Disektör Sondası (Optical Disector Probe)
Orientation (Yönelim)
Orientator (Oryantatör)
Overprojection (Fazla Yansıma)
Particle (Tanecik)
Parameter (Parametre)
Physical Disector (Fiziksel Disektör)
Physical Fractionator (Fiziksel Parçalama)
Planimetric Methods (Planimetrik Yöntemler)
Point Counting (Nokta Sayımı)
Point Grid (Noktalı Alan Ölçüm Cetveli)
Point Probe (Nokta Sondası)
Point-Associated Area (Noktayla İlişkili Alan)
Point-Sampled Intercepts (Nokta-Örnekli Doğrusal Kesişimler)
Population (Populasyon)
Preision (Kesinlik)
Probe (Sonda)
Probe Dimension (Sonda Boyutu)
Profıle (İzdüşüm)
Random Number Tables (Rasgele Sayı Tabloları)
Random Sampling (Rasgele Örnekleme)
Reference Section (Sayım Kesiti - Örnek Kesit)
Reference Trap (Referans Tuzağı)
Reference Volume; Vref (Referans Hacim)
Rotator (Döndürücü)
Rotator (Rotator)
Sample (Örnek):
Sampling Strategy (Örnekleme Stratejisi):
Sampling Unit (Örnekleme Birimi):
Second-Order Stereology (İkinci Düzey Stereoloji)
Section (Kesit)
Section Sampling Fraction; ssf (Kesit Örnekleme Payı)
Section Thickness (Kesit kalınlığı)
Selector (Seçici)
Serial Sections (Seri Kesitler)
Slab (Kalın Dilim)
Slabber (Kalın Dilimleyici)
Slice (Dilim)
Slicer Blades (Paralel Dilimleme Bıçağı)
Small’s “Small Fold” Method (Small’un “Küçük Katlantı” Yöntemi)
Star Volume (Yıldız Hacmi)
Statistics (İstatistik)
Step Length (Adım Aralığı)
Stepmeter (Adım Ölçer)
Stereological Measurement Grids (Stereolojik Ölçüm Cetvelleri)
Stereological Tools (Stereolojik Araçlar)
Stereology (Stereoloji)
Stochastic Geometry (Stokastik Geometri)
Surface Area (Yüzey Alanı)
Surface Density (Yüzey Yoğunluğu)
Systematic Uniformly Random (Sistematik Tekdüze Rasgele)
Systematic Unifrom Random Sampling; SURS (Sistematik Tekdüze Rasgele Örnekleme)
Tandem Microcope (İkiz Mikroskop)
Test System (Test Sistemi)
Thickness Sampling Fraction; tsf (Kalınlık Örnekleme Payı)
Three Dimensional Object (Üç Boyutlu Nesne)
Three Dimensional Point Array (Üç Boyutlu Nokta Dizgesi)
Three Dimensional Reconstruction (Üç Boyutlu Yeniden Yapılandırma)
Tissue Shrinkage (Doku Büzüşmesi)
Tissue Slicer (Doku Dilimleyicisi)
Total Particle Number (Toplam Tanecik Sayısı)
Two Dimensional (İki Boyutlu)
Two Dimensional Object (İki Boyutlu Nesne)
Unbiased (Tarafsız)
Unbiased Counting Brick (Sayım Kutusu)
Unbiased Counting Frame (Tarafsız Sayım Çerçevesi)
Uniform-Random (Tekdüze Rasgele)
Variance (Değişkenlik – Varyans)
Veronoi Tesellations (Veronoi Parsellemesi)
Vertical Design (Dikey tasarım)
Vertical Section (Dikey Kesit)
Vertical Uniform Random (Dikey Tekdüze Rasgele)
Volume Density (Hacim Yoğunluğu)
Volume Fraction (Hacim Payı – Hacim Oranı)
Volume Probe (Hacim Sondası)
Volume-Weighed (Hacim-Ağırlıklı)
Zero Dimensional (Sıfır Boyutlu)
Aşağıda stereoloji literatüründe sıklıkla kullanılan terimlerin listesi yer almaktadır. Harf sırasına göre dizilmiş olan İngilizce terimlerin parantez içinde verilen/önerilen Türkçe karşılıklarına ait açıklamaları yukarıdaki sözlükte bulabilirsiniz.
Accuracy (Doğruluk)
Anisotropy (Anizotropi)
Area Probe (Düzlem Sondası)
Area Sampling Fraction; asf (Alan Örnekleme Oranı-Payı)
Artificial Edges (Yapay Kenarlar)
Bias (Taraflılık)
Biased Method (Taraflı Yöntem)
Biological Variability (Biyolojik Değişkenlik)
Calibration (Kalibrasyon)
Cavalieri Estimator (Cavalieri Hesaplaması)
Cavalieri’s Principle (Cavalieri Prensibi)
CE: Coefficient of Error (Hata Katsayısı)
Computer Assisted Stereology (Bilgisayar Destekli Stereoloji)
Correction Factors (Düzeltme Faktörleri)
Counting Area (Sayım Alanı)
Counting Box (Sayım Kutusu)
CV; Coefficient of Variation (Değişim Katsayısı)
Cycloid Arc (Sikloid Yay)
Density (Yoğunluk)
Design-Based Stereology (Tasarım Temelli Stereoloji)
Digital Stereology (Bilgisayar Destekli Stereoloji)
Dimensional Reduction Problem (Boyut Azalması Sorunu)
Direction (Yönelim)
Disector (Disektör)
Disector Height (Disektör Yüksekliği)
Disector Pair (Disektör Çifti)
Disector Particles (Disektör Tanecikleri)
Double Disector (Çift Disektör)
Edge Effect (Kenar Etkisi)
Efficiency (Etkinlik/Verimlilik)
Error Variance (Hata Varyansı)
Euler Number (Euler sayısı)
Forbidden Line (Yasak Kenar)
Forbidden Surface (Yasak Yüzey)
Fractal Dimension (Fraktal Boyut)
Fractionator (Parçalama – Fraksiyonlama)
Fractionator (Parçalama)
Holmes Effect (Fazla Yansıma Etkisi)
Isector (İsektor)
Isotropic Design (İzotropik Tasarım)
Isotropic Line Probes (İzotropik Çizgi Sondaları)
Isotropic Plane (İzotropik Düzlem)
Isotropic Sampling (İzotropik Örnekleme)
Isotropic Unifrom Random (İzotropik Tekdüze Rasgele)
Isotropy (İzotropi – Eşyönelimlilik)
Length Density (Uzunluk Yoğunluğu)
Line probe (Çizgi Sondası)
Linear Magnification (Doğrusal Büyütme)
Look-up Section (Gözlem Kesiti)
Lost Caps (Kayıp Uç)
Meander Sampling (Dolaşımlı Örnekleme)
Microcator (Mikrakator)
Model-Based Stereology (Model Temelli Stereoloji)
Modified Optical Disector (Uyarlanmış Optik Disektör)
Multi-Stage Fractionator (Çok Basamaklı Parçalama)
Noise Variance (Gürültü Varyansı)
Nucleator (Nükleatör)
Number-Weighted (Sayı-ağırlıklı)
Numerical Density; NV (Sayısal Yoğunluk)
Optical Disector (Optik Disektör)
Optical Fractionator (Optik Parçalama)
Optical Section (Optik Kesit)
Optik Disektör Sondası (Optical Disector Probe)
Orientation (Yönelim)
Orientator (Oryantatör)
Overprojection (Fazla Yansıma)
Particle (Tanecik)
Parameter (Parametre)
Physical Disector (Fiziksel Disektör)
Physical Fractionator (Fiziksel Parçalama)
Planimetric Methods (Planimetrik Yöntemler)
Point Counting (Nokta Sayımı)
Point Grid (Noktalı Alan Ölçüm Cetveli)
Point Probe (Nokta Sondası)
Point-Associated Area (Noktayla İlişkili Alan)
Point-Sampled Intercepts (Nokta-Örnekli Doğrusal Kesişimler)
Population (Populasyon)
Preision (Kesinlik)
Probe (Sonda)
Probe Dimension (Sonda Boyutu)
Profıle (İzdüşüm)
Random Number Tables (Rasgele Sayı Tabloları)
Random Sampling (Rasgele Örnekleme)
Reference Section (Sayım Kesiti - Örnek Kesit)
Reference Trap (Referans Tuzağı)
Reference Volume; Vref (Referans Hacim)
Rotator (Döndürücü)
Rotator (Rotator)
Sample (Örnek):
Sampling Strategy (Örnekleme Stratejisi):
Sampling Unit (Örnekleme Birimi):
Second-Order Stereology (İkinci Düzey Stereoloji)
Section (Kesit)
Section Sampling Fraction; ssf (Kesit Örnekleme Payı)
Section Thickness (Kesit kalınlığı)
Selector (Seçici)
Serial Sections (Seri Kesitler)
Slab (Kalın Dilim)
Slabber (Kalın Dilimleyici)
Slice (Dilim)
Slicer Blades (Paralel Dilimleme Bıçağı)
Small’s “Small Fold” Method (Small’un “Küçük Katlantı” Yöntemi)
Star Volume (Yıldız Hacmi)
Statistics (İstatistik)
Step Length (Adım Aralığı)
Stepmeter (Adım Ölçer)
Stereological Measurement Grids (Stereolojik Ölçüm Cetvelleri)
Stereological Tools (Stereolojik Araçlar)
Stereology (Stereoloji)
Stochastic Geometry (Stokastik Geometri)
Surface Area (Yüzey Alanı)
Surface Density (Yüzey Yoğunluğu)
Systematic Uniformly Random (Sistematik Tekdüze Rasgele)
Systematic Unifrom Random Sampling; SURS (Sistematik Tekdüze Rasgele Örnekleme)
Tandem Microcope (İkiz Mikroskop)
Test System (Test Sistemi)
Thickness Sampling Fraction; tsf (Kalınlık Örnekleme Payı)
Three Dimensional Object (Üç Boyutlu Nesne)
Three Dimensional Point Array (Üç Boyutlu Nokta Dizgesi)
Three Dimensional Reconstruction (Üç Boyutlu Yeniden Yapılandırma)
Tissue Shrinkage (Doku Büzüşmesi)
Tissue Slicer (Doku Dilimleyicisi)
Total Particle Number (Toplam Tanecik Sayısı)
Two Dimensional (İki Boyutlu)
Two Dimensional Object (İki Boyutlu Nesne)
Unbiased (Tarafsız)
Unbiased Counting Brick (Sayım Kutusu)
Unbiased Counting Frame (Tarafsız Sayım Çerçevesi)
Uniform-Random (Tekdüze Rasgele)
Variance (Değişkenlik – Varyans)
Veronoi Tesellations (Veronoi Parsellemesi)
Vertical Design (Dikey tasarım)
Vertical Section (Dikey Kesit)
Vertical Uniform Random (Dikey Tekdüze Rasgele)
Volume Density (Hacim Yoğunluğu)
Volume Fraction (Hacim Payı – Hacim Oranı)
Volume Probe (Hacim Sondası)
Volume-Weighed (Hacim-Ağırlıklı)
Zero Dimensional (Sıfır Boyutlu)
KAYNAKLAR
Aslan, H. (1999) Bir ve yedi günlük civcivlerin hippokampuslarında toplam nöron sayısının optik parçalama metodu ile hesaplanması. Uzmanlık Tezi, Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi, Samsun, Türkiye.
Casley-Smith, JR, (1988) Expressing stereological results 'per cm3' is not enough, Journal of Pathology, Vol. 156, 263-265.
Cruz – Orive LM. On the estimation of particle number. J Microsc 1980; 120: 15- 27.
DeGroot, DMG, and Bierman EPB. The complex perforated synapse a problem in quantitative stereology of the brain. J Microsc 1983; 131: 355- 360.
Gökce, F. (1999) Beyinde çinkonun sebep olduğu hücre ölümüne nitrik oksit sentaz inhibitörü aminoguanidinin etkisi. Uzmanlık Tezi, Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi Samsun, Türkiye.
Gundersen HJG, Jensen EB. The efficiency of systematic sampling in stereology and its prediction. J Microsc 1987; 147 : 229-263.
Gundersen HJG. Notes on the estimation of the numerical density of arbitrary particles: the edge effect. J Microsc 1977; 111: 219-223.
Gundersen HJG. Stereology of arbitrary particles. A review of unbiased number and size estimators and the presentation of some new ones in memory of William R. Thompson. J Microsc 1986; 143: 3-45.
Haug H. History of neuromorphometry. J Neurosci Methods 1986; 18: 1-17.
Hof PR, Schmitz C. Current trends in neurostereology-Introduction to the special issue “Recent Advences in Neurostereology”. J Chem Neuroanat 2000; 20:3-5.
Howard CV, Reed MG. Unbiased Stereology: Three dimensional measurement in microscopy, Oxford, Bios Scientific Publishers, 1998.
Kaplan, S., Canan, S., Aslan, H., Ünal, B., Şahin, B. (2001) The measurement of microscope stage movements within the x and y axes for stereological methods. J. Microscopy 2001; 203:1-6.
Marcussen N. (1992) The double disector: unbiased stereological estimation of the number of particles inside other particles.J Microsc. 1992 165 (Pt3): 417-426.
Nyengaard JR. Stereologic methods and their application in kidney. J Am Soc Nephrol 1999; 10: 1100-23
Oorschot DE. Are you using neuronal densities, synaptic densities or neurochemical densities as your definitive data? There is a better way to go. Prog Neurobiol 1994; 44:233-274.
Royet JP. Stereology: A method for analyzing images. Prog Neurobiol 1991; 37:433-474.
Schmitz C, Hof PR. Recommendations for straightforward and rigorous methods of counting neurons based on a computer simulation approach. J Chem Neuroanat 2000; 20:93-114.
Schmitz C, Rüb U, Korr H, Heinsen H, Nerve cell loss in the thalamic mediodorsal nucleus in Huntington’s disease. II. Optimization of a stereological estimation procedure. Acta Neuropathol 1999; 97:623-628.
Schmitz C. Variation of the fractionator estimates and its prediction. Anat Embryol 1998; 198 : 371-397
Sterio DC. The unbiased estimation of number and size of arbitrary particles using the disector. J Microsc 1984; 134 : 127-136.
Şahin, B., Aslan, H. Ünal, B., Canan, S., Bilgic, S., Kaplan, S., Tumkaya, L. (2001) Brain volumes of the lamb, rat and bird do not show hemispheric assymetry: A stereological study. Image Anal Stereol, 20: 9-13.
Weibel ER. Stereological prenciples for morphometry in electron microscopic cytology. Int Rev Cytol 1969; 26:235-302.
Williams WR, Rakic P. Three-dimensional counting: an accurate and direct method to estimate numbers of the cells in sectioned material. J Comp Neurol 1988; 278: 344-352.
Diğer Kaynaklar
1. Abercrombie, M., (1946), Estimation of nuclear populations from microtome sections. Anatomical Record, 94, 239-247.
2. Andersen, B.B., Korbo, L., Pakkenberg, B.(1992) A quantitative study of the human cerebellum with unbiased stereological techniques. J. Comparative Neurology, 326:549-560.
3. Braendgaard, H., Evans, S.M., Howard, C.V., Gundersen, H.J.G., (1990). The total number of neurons in the human neocortex unbiasedly estimated using optical disectors. J. Microscopy, 157: 285-304
4. Clarke, P.G.H., (1992). How inaccurate is the Abercrombie correction factor for cell counts?. TINS, 15(6): 211-212
5. Cruz-Orive, L.M.(1997) Stereology of single objects. J. Microscopy, 186(2), 93-107
6. Cruz-Orive, L.M., Weibel, E.R.(1990) Recent stereological methods for cell biology: a brief survey. Lung. Cell. Mol. Physiol., 2, L148-L156
7. Gallagher, M., Landfield, P.W., McEwen, B., Meaney, M.J., Rapp, P.R., Sapolsky, R., West, M.J. (1996). Hippocampal neurodegeneration in ageing. Science, 274, 4-5.
8. Gundersen, H.J.G (1986) Stereology of arbitrary particles. J. Microscopy, 143(1), 3-45
9. Gundersen, H.J.G. (1977) Notes on the estimation of the numerical density of arbitrary particles: The edge effect. J. Microscopy, 111: 219-223
10. Gundersen, H.J.G. (1992). Stereology: The fast lane between neuroanatomy and brain function or still only a tightrope? Acta Neurologica Scandinavica, 137, 8-13.
11. Gundersen, H.J.G., Bagger, P., Bendtsen, T.F., Evans, S.M., Korbo, L., Marcussen, N., Moller, A., Nielsen, K., Nyengaard, J.R., Pakkenberg, B., Sorensen, F.B., Vesterby, A., West, M.J. (1988a). The new stereological tools: Disector, Fractionator, nucleator, and point sampled intercepts and their use in pathological research and diagnosis. APMIS, 96, 857-881.
12. Gundersen, H.J.G., Bendtsen, T.F., Korbo, L., Marcussen, N., Moller, A., Nielsen, K., Nyengaard, J.R., Pakkenberg, B., Sorensen, F.B., Vesterby, A., West, M.J. (1988b). Some new, simple, and efficient stereological methods and their use in pathological research and diagnosis. APMIS, 96, 379-394.
13. Gundersen, H.J.G., Jensen, E.B. (1987). The efficiency of systematic sampling in stereology and its prediction. J. Microscopy, 147(3):229-263.
14. Howard, C.V., Reed, M.G. (1998) Unbiased Stereology: Three dimensional measurement in microscopy, Bios Scientific Publishers, U.K.
15. Korbo, L., Pakkenberg, B., Ladefoged, O., Gundersen, H.J.G., Arien-Soborg, P., Pakkenberg, H.(1990) An efficient method for estimating the total number of neurons in rat brain cortex. J. Neuroscience Methods, 31, 93-100
16. Korkmaz, A. Tümkaya, L., (1997) Estimation of section thickness and optical disector height with a simple calibration method. J. Microscopy,187(2): 104-109
17. Mayhew, T.M., (1991). Review article: The new stereological methods for interpreting functional morphology from slices of cells and organs. Experimental Psysiology, 76: 639-665
18. Mayhew, T.M., (1992).A Review of recent advances in stereology for quantifying neural structure. J. Neurocytology, 21, 313-328
19. Mayhew, T.M., (1996) Invited Review: Adaptive remodelling of intestinal epithelium assessed using stereology: correlation of single cell and whole organ data with nutrient transport. Histol Histopathol, 11, 729-741
20. Mayhew, T.M., Gundersen, H.J.G. (1996). If you assume, you can make an ass out of u and me: A decade of the disector for stereological counting of particles in 3D space. J. Anatomy, 188:1-15.
21. Oorschot, D.E. (1994). Are you using neuronal densities, synaptic densities or neurochemical densities as your definitive data? There is a better way to go. Progress in Neurobiology, 44, 233-274.
22. Pakkenberg, B., Gundersen, H.J.G. (1988) Total number of neurons and glial cells in human brain nuclei estimated by the disector and the fractionator. J. Microscopy 150(1):1-20.
23. Pakkenberg, B., Gundersen, H.J.G. (1997). Neocortical neuron number in humans: Effect of sex and age. J. Comparative Neurology, 384, 312-320
24. Pakkenberg, H., Andersen, B.B., Burns, R.S., Pakkenberg, B.(1995). A stereological study of substantia nigra in young and old rhesus monkeys. Brain Research, 693, 201-206
25. Rasmussen, T., Schliemann, T., Sorensen, J.C., Zimmer, J., West, M.J. (1996). Memory impaired aged rats: No loss of principal hippocampal and subicular neurons. Neurobiology of Ageing, 17(1), 143-147.
26. Sterio, D.C.(1984). The unbiased estimation of number and sizes of arbitrary particles using the disector. J. Microscopy, 134(2), 127-136
27. West, M.J. (1993). New stereological methods for counting neurons. Neurobiology of Ageing, 14, 275-285.
28. West, M.J. (1994).Advances in the study of age-related neuron loss. Seminars in Neuroscience, 6, 403-411
29. West, M.J., Æstergaard, K., Andreassen, O.A., Finsen, B., (1996). Estimation of the number of somatostatin neurons in the striatum: An in situ hybrizidation study using the optical fractionator method. J. Comparative Neurology 370, 11-22
30. West, M.J., Gundersen, H.J.G., (1990). Unbiased stereological estimation of the number of neurons in the human hippocampus. J. Compararative Neurology, 296, 1-22.
31. West, M.J., Slomianka, L.,Gundersen, H.J.G. (1991). Unbiased stereological estimation of the total number of neurons in the subdivisions of the rat hippocampus using the optical fractionator. The Anatomical Record, 231, 482-497.
32. Willams, W. R., Rakic, P., (1988). Three-Dimensional counting: An accurate and direct method to estimate numbers of the cells in sectioned material. J. Comparative Neurology 278, 344-352
Aslan, H. (1999) Bir ve yedi günlük civcivlerin hippokampuslarında toplam nöron sayısının optik parçalama metodu ile hesaplanması. Uzmanlık Tezi, Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi, Samsun, Türkiye.
Casley-Smith, JR, (1988) Expressing stereological results 'per cm3' is not enough, Journal of Pathology, Vol. 156, 263-265.
Cruz – Orive LM. On the estimation of particle number. J Microsc 1980; 120: 15- 27.
DeGroot, DMG, and Bierman EPB. The complex perforated synapse a problem in quantitative stereology of the brain. J Microsc 1983; 131: 355- 360.
Gökce, F. (1999) Beyinde çinkonun sebep olduğu hücre ölümüne nitrik oksit sentaz inhibitörü aminoguanidinin etkisi. Uzmanlık Tezi, Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi Samsun, Türkiye.
Gundersen HJG, Jensen EB. The efficiency of systematic sampling in stereology and its prediction. J Microsc 1987; 147 : 229-263.
Gundersen HJG. Notes on the estimation of the numerical density of arbitrary particles: the edge effect. J Microsc 1977; 111: 219-223.
Gundersen HJG. Stereology of arbitrary particles. A review of unbiased number and size estimators and the presentation of some new ones in memory of William R. Thompson. J Microsc 1986; 143: 3-45.
Haug H. History of neuromorphometry. J Neurosci Methods 1986; 18: 1-17.
Hof PR, Schmitz C. Current trends in neurostereology-Introduction to the special issue “Recent Advences in Neurostereology”. J Chem Neuroanat 2000; 20:3-5.
Howard CV, Reed MG. Unbiased Stereology: Three dimensional measurement in microscopy, Oxford, Bios Scientific Publishers, 1998.
Kaplan, S., Canan, S., Aslan, H., Ünal, B., Şahin, B. (2001) The measurement of microscope stage movements within the x and y axes for stereological methods. J. Microscopy 2001; 203:1-6.
Marcussen N. (1992) The double disector: unbiased stereological estimation of the number of particles inside other particles.J Microsc. 1992 165 (Pt3): 417-426.
Nyengaard JR. Stereologic methods and their application in kidney. J Am Soc Nephrol 1999; 10: 1100-23
Oorschot DE. Are you using neuronal densities, synaptic densities or neurochemical densities as your definitive data? There is a better way to go. Prog Neurobiol 1994; 44:233-274.
Royet JP. Stereology: A method for analyzing images. Prog Neurobiol 1991; 37:433-474.
Schmitz C, Hof PR. Recommendations for straightforward and rigorous methods of counting neurons based on a computer simulation approach. J Chem Neuroanat 2000; 20:93-114.
Schmitz C, Rüb U, Korr H, Heinsen H, Nerve cell loss in the thalamic mediodorsal nucleus in Huntington’s disease. II. Optimization of a stereological estimation procedure. Acta Neuropathol 1999; 97:623-628.
Schmitz C. Variation of the fractionator estimates and its prediction. Anat Embryol 1998; 198 : 371-397
Sterio DC. The unbiased estimation of number and size of arbitrary particles using the disector. J Microsc 1984; 134 : 127-136.
Şahin, B., Aslan, H. Ünal, B., Canan, S., Bilgic, S., Kaplan, S., Tumkaya, L. (2001) Brain volumes of the lamb, rat and bird do not show hemispheric assymetry: A stereological study. Image Anal Stereol, 20: 9-13.
Weibel ER. Stereological prenciples for morphometry in electron microscopic cytology. Int Rev Cytol 1969; 26:235-302.
Williams WR, Rakic P. Three-dimensional counting: an accurate and direct method to estimate numbers of the cells in sectioned material. J Comp Neurol 1988; 278: 344-352.
Diğer Kaynaklar
1. Abercrombie, M., (1946), Estimation of nuclear populations from microtome sections. Anatomical Record, 94, 239-247.
2. Andersen, B.B., Korbo, L., Pakkenberg, B.(1992) A quantitative study of the human cerebellum with unbiased stereological techniques. J. Comparative Neurology, 326:549-560.
3. Braendgaard, H., Evans, S.M., Howard, C.V., Gundersen, H.J.G., (1990). The total number of neurons in the human neocortex unbiasedly estimated using optical disectors. J. Microscopy, 157: 285-304
4. Clarke, P.G.H., (1992). How inaccurate is the Abercrombie correction factor for cell counts?. TINS, 15(6): 211-212
5. Cruz-Orive, L.M.(1997) Stereology of single objects. J. Microscopy, 186(2), 93-107
6. Cruz-Orive, L.M., Weibel, E.R.(1990) Recent stereological methods for cell biology: a brief survey. Lung. Cell. Mol. Physiol., 2, L148-L156
7. Gallagher, M., Landfield, P.W., McEwen, B., Meaney, M.J., Rapp, P.R., Sapolsky, R., West, M.J. (1996). Hippocampal neurodegeneration in ageing. Science, 274, 4-5.
8. Gundersen, H.J.G (1986) Stereology of arbitrary particles. J. Microscopy, 143(1), 3-45
9. Gundersen, H.J.G. (1977) Notes on the estimation of the numerical density of arbitrary particles: The edge effect. J. Microscopy, 111: 219-223
10. Gundersen, H.J.G. (1992). Stereology: The fast lane between neuroanatomy and brain function or still only a tightrope? Acta Neurologica Scandinavica, 137, 8-13.
11. Gundersen, H.J.G., Bagger, P., Bendtsen, T.F., Evans, S.M., Korbo, L., Marcussen, N., Moller, A., Nielsen, K., Nyengaard, J.R., Pakkenberg, B., Sorensen, F.B., Vesterby, A., West, M.J. (1988a). The new stereological tools: Disector, Fractionator, nucleator, and point sampled intercepts and their use in pathological research and diagnosis. APMIS, 96, 857-881.
12. Gundersen, H.J.G., Bendtsen, T.F., Korbo, L., Marcussen, N., Moller, A., Nielsen, K., Nyengaard, J.R., Pakkenberg, B., Sorensen, F.B., Vesterby, A., West, M.J. (1988b). Some new, simple, and efficient stereological methods and their use in pathological research and diagnosis. APMIS, 96, 379-394.
13. Gundersen, H.J.G., Jensen, E.B. (1987). The efficiency of systematic sampling in stereology and its prediction. J. Microscopy, 147(3):229-263.
14. Howard, C.V., Reed, M.G. (1998) Unbiased Stereology: Three dimensional measurement in microscopy, Bios Scientific Publishers, U.K.
15. Korbo, L., Pakkenberg, B., Ladefoged, O., Gundersen, H.J.G., Arien-Soborg, P., Pakkenberg, H.(1990) An efficient method for estimating the total number of neurons in rat brain cortex. J. Neuroscience Methods, 31, 93-100
16. Korkmaz, A. Tümkaya, L., (1997) Estimation of section thickness and optical disector height with a simple calibration method. J. Microscopy,187(2): 104-109
17. Mayhew, T.M., (1991). Review article: The new stereological methods for interpreting functional morphology from slices of cells and organs. Experimental Psysiology, 76: 639-665
18. Mayhew, T.M., (1992).A Review of recent advances in stereology for quantifying neural structure. J. Neurocytology, 21, 313-328
19. Mayhew, T.M., (1996) Invited Review: Adaptive remodelling of intestinal epithelium assessed using stereology: correlation of single cell and whole organ data with nutrient transport. Histol Histopathol, 11, 729-741
20. Mayhew, T.M., Gundersen, H.J.G. (1996). If you assume, you can make an ass out of u and me: A decade of the disector for stereological counting of particles in 3D space. J. Anatomy, 188:1-15.
21. Oorschot, D.E. (1994). Are you using neuronal densities, synaptic densities or neurochemical densities as your definitive data? There is a better way to go. Progress in Neurobiology, 44, 233-274.
22. Pakkenberg, B., Gundersen, H.J.G. (1988) Total number of neurons and glial cells in human brain nuclei estimated by the disector and the fractionator. J. Microscopy 150(1):1-20.
23. Pakkenberg, B., Gundersen, H.J.G. (1997). Neocortical neuron number in humans: Effect of sex and age. J. Comparative Neurology, 384, 312-320
24. Pakkenberg, H., Andersen, B.B., Burns, R.S., Pakkenberg, B.(1995). A stereological study of substantia nigra in young and old rhesus monkeys. Brain Research, 693, 201-206
25. Rasmussen, T., Schliemann, T., Sorensen, J.C., Zimmer, J., West, M.J. (1996). Memory impaired aged rats: No loss of principal hippocampal and subicular neurons. Neurobiology of Ageing, 17(1), 143-147.
26. Sterio, D.C.(1984). The unbiased estimation of number and sizes of arbitrary particles using the disector. J. Microscopy, 134(2), 127-136
27. West, M.J. (1993). New stereological methods for counting neurons. Neurobiology of Ageing, 14, 275-285.
28. West, M.J. (1994).Advances in the study of age-related neuron loss. Seminars in Neuroscience, 6, 403-411
29. West, M.J., Æstergaard, K., Andreassen, O.A., Finsen, B., (1996). Estimation of the number of somatostatin neurons in the striatum: An in situ hybrizidation study using the optical fractionator method. J. Comparative Neurology 370, 11-22
30. West, M.J., Gundersen, H.J.G., (1990). Unbiased stereological estimation of the number of neurons in the human hippocampus. J. Compararative Neurology, 296, 1-22.
31. West, M.J., Slomianka, L.,Gundersen, H.J.G. (1991). Unbiased stereological estimation of the total number of neurons in the subdivisions of the rat hippocampus using the optical fractionator. The Anatomical Record, 231, 482-497.
32. Willams, W. R., Rakic, P., (1988). Three-Dimensional counting: An accurate and direct method to estimate numbers of the cells in sectioned material. J. Comparative Neurology 278, 344-352
